Hace poco necesitaba procesar una gran cantidad de archivos excel que tenía muchas celdas fusionadas (merged cells). Algo así como muestro en la imagen:

Pensé que vieja confiable librería de pandas sería suficiente, pero no. Al abrir el archivo con pandas, el valor de la celda se asigna sólo a la primera:

Ingenuamente intenté llenar con fillna y reemplazar los NaNs, pero el resultado no era el desado:

Ninguno de los métodos para llenar las celdas contiguas (fillna con opciones ‘backfill’, ‘bfill’, ‘pad’, ‘ffill’, None) sirve, porque hay celdas no fusionadas que deberían mantenerse sin datos.

¿Qué hacer entonces? Después de mucho googlear, encontré la solución correcta en stackoverflow. La librería openpyxl es increíblemente flexible y permite la manipulación celda a celda.

La siguiente función que es una versión mejorada de la propuesta en stackoverflow removerá las celdas fusionadas copiando los valores correspondientes. Lo realizará para todas las pestañas del archivo, y marcará en rojo las celdas que fueron intervenidas:

import openpyxl 
from openpyxl.styles import Alignment
from openpyxl.styles import Font

def unmerge_cells_from_file(my_file):
    """
    For a given file, opens each sheet and unmerges the cells.
    Aligns to left and highlights in red the unmerged cells.
    Saves a new excel file with the _UNMERGED suffix.
    """
    LEFT_ALIGN = Alignment(horizontal='left')
    RED_FONT = Font(color="FF0000")
    # data_only is required to evaluate the cells and store the correct value
    wb = openpyxl.load_workbook(my_file, data_only=True)
    for sheet in wb.sheetnames:
        ws = wb[sheet]
        # It's weird, but the  for loop do not capture all the groups
        # So we iterate with a while loop to reduce all merged cells
        while len(ws.merged_cells.ranges) > 0:
            group = ws.merged_cells.ranges[0]
            min_col, min_row, max_col, max_row = group.bounds
            top_left_cell_value = ws.cell(row=min_row, column=min_col).value
            # unmerge before asigning a the value
            ws.unmerge_cells(str(group))
            for irow in range(min_row, max_row+1):
                for jcol in range(min_col, max_col+1):
                    cell = ws.cell(row=irow, column=jcol)
                    cell.value = top_left_cell_value
                    cell.alignment = LEFT_ALIGN
                    cell.font = RED_FONT

    output_file = my_file.replace("input", "tmp").replace(".xlsx", " UNMERGED.xlsx")
    wb.save(output_file)
    return

El excel resultante es el siguiente:

Desde ese punto, ya es posible trabajar con pandas sin problemas.

Observación: Hay que usar una versión reciente de pyopenxl, ya que en la versión anterior arroja un error.